Technologies Biopuces
Spotter manuel
La plateforme dispose d’un spotter manuel, développé dans le cadre de la thèse CIFRE de Fabien Remy-Martin, qui permet la réalisation de biopuce SPRi en macroarray (4 X 4).
Nanospotter « sciFLEXARRAYER S3 »
La plateforme dispose d’un équipement de dépôt d’échantillons de très faibles volumes (picoL/ nanoL) sur tout type de substrats (organiques / inorganiques) en mode sans contact, à commande piézoélectrique. Ce nanospotter offre des possibilités de multiplexage accru aux biopuces développées par la plateforme selon un pattern de grande flexibilité.
- Fonctionnalisations chimiques à façon de biopuces d’or par monocouches autoassemblées (SAMs)
- Utilisation des chimies classiques commerciales.
- Biofonctionnalisation des surfaces pour études en biofluides et matrices biologiques complexes
Technologies Bioanalyses
Biacore 3000
L’instrumentation SPR (Biacore) est basée sur la technologie de résonance des plasmons de surface très sensible pour la mesure et la détermination des paramètres cinétiques d’interaction biomoléculaire (BIA) en temps réel et sans marquage (labelling) des biomolécules. Le BIACORE 3000 disponible sur la plateforme offre beaucoup de versatilité dans la conception et réalisation des études BIA.
Il est utilisé pour l’études des interactions fines entre une surface chimiquement activée ou une surface décorée par un ligand (molécules, macromolécules, particules virales, nanoparticules etc..) et des biomolécules en solution (analytes). Les applications principales sont le suivi de l’interaction biomoléculaire par la détermination des constantes cinétiques (kon, koff) et thermodynamique de l’interaction kd), le criblage de composés biologiques et synthétiques vis-à-vis d’une cible biologique (screening), le suivi de mécanisme d’interactions (inhibition, compétition)…
- SPRi Plex II
L’instrumentation d’imagerie SPRi Plex II (Horiba Scientific) offre une bonne complémentarité à la SPR de type BIACORE. De sensibilité et versatilité équivalente, la SPRi permet un accroissement du multiplexage des analyses BIA par le design en macro/micro arrays des ligands à la surface des biopuces. Le nombre de spots est compris entre 4 et 384 selon le mode de dépôts (spotting) utilisé ce qui offre à la fois en termes de dimension et de densité une grande flexibilité dans l’architecture des biopuces. De plus, la gamme des cibles biologiques est étendue aux composés biologiques de dimensions submicrométriques et micrométriques (vésicules extracellulaires, virus, bactéries et cellules).
Ces équipements sont utilisés pour les mesures d’interactions impliquant de nombreux ligands dirigés contre la même cible (criblage), la recherche d’un panel de marqueurs biologiques simultanément dans un échantillon biologique complexe (surnageant de culture, biofluides (urine, plasma, sang…), lysats cellulaires), l’étude de comportement sous flux d’objets biologiques vis-à-vis d’une bio-interface (rolling cellulaire, interaction/activation plaquettaire…)
- XelPLEX
L’instrumentation d’imagerie XelPlex (Horiba Scientific) offre des capacités analytiques optimisées dans le domaine de l’imagerie SPR de part une architecture microfluidique de nouvelle génération favorisant les études fines BIA, une automatisation accrue améliorant la fiabilité et la reproductibilité des procédures et protocoles, un choix étendu d’angles de travail autorisant des architectures biopuces complexes (multi-ligands biologiques et synthétiques) et un gain en sensibilité lors des analyses.
Il se positionne parmi les outils les plus performants pour le suivi cinétique de centaines d’interactions en parallèle proposant des profils cinétiques de grande qualité pouvant impliquer des molécules de faible poids moléculaires (150 Da).
Technologies Nanocaractérisations / microscopies
- AFM JPK
Ce microscope à force atomique est un système très performant et modulable. Constitué d’une configuration tip scanning, il peut se combiner à de la microscopie optique pour réaliser des expériences de couplage entre topographie/métrologie et mesure de fluorescence notamment.
Le système est également équipé d’un module Biocell, qui permet de mener des expériences en milieu liquide et à température contrôlée.
De plus, une analyse haute vitesse est possible grâce à upgrade réalisé en 2022, qui permet de réaliser un scan en quelques dizaines de secondes. Enfin, des mesures morpho-mécaniques permettent d’accéder à des données de type module d’Young des objets micrométriques (virus, cellules, bactéries) et nanométriques (vésicules extracellulaires, liposomes, organites sub-cellulaires).
Enfin, lorsque la pointe est fonctionnalisée (par un ligand, un anticorps ou récepteur par exemple), il est possible de mener des expériences de mesures de force qui vont donner lieu à une cartographie moléculaire de la surface des objets biologiques d’intérêt (mapping de force).
- Microscope Zeiss Axio Imager Vario
Ce microscope droit à épifluorescence réalisé à façon par la société Zeiss permet de travailler aussi bien sur des échantillons biologiques classiques que sur des dispositifs microfluidiques.
Son statif avec un battement de 254mm et sa platine motorisée sont adaptés à l’observation de la lame de microscope aux dispositifs incluant leurs systèmes électroniques pour une taille d’échantillon maximale de 200mm * 200mm.
Le système est équipé d’éclairages LED permettant l’utilisation de lumière blanche en transmission et en réflexion ainsi que d’une source de fluorescence LED avec un jeu de filtres pour l’observation en DAPI, GFP, CY3 et Cy5. L’apotome permet la création de coupes optiques d’échantillons fluorescents avec possibilité de reconstruction 3D.
Le microscope est équipé d’une tourelle 6 positions possédant les objectifs suivants : x2, x5, x10, x20, x40, x63 à immersion en huile et un x63 à immersion en tampon. Il est issu d’un co-financement qui implique également l’équipe Nano2BIO ainsi que celle de BIND, 2 équipes issues du département MN2S de l’institut FEMTO-ST. Les objectifs x20 et x40 sont dotés d’une bague de correction d’épaisseur de lamelle pour les applications en microfluidique.
Il est également doté de deux caméras : une caméra couleur pour les applications type coupes histologiques et une caméra N&B haute sensibilité adapté pour l’acquisition d’image de fluorescence et pour le tracking de particules en flux.